《医学源流论》共收集评论文章九十九篇。上卷为经络脏腑、脉、病、方药，下卷则治法、书论（并各科）、古今。纵横捭阖，触及之处，每有新见，发前人之未发，言常人所不敢言，尤针砭时弊甚多，论述道理深湛。

此书颇多先进之论，例如作“治人必考其验否论”，指斥“今之医者，事事反此，惟记方数首，择时尚之药数种，不论何病何症，总以此塞责，他认为，“若医者能以此法(效验)自考，必成良医；病家以此法考医者，必不为庸医之所误。”是颇具‘实践检验”为标准之义。种人痘法本非传统，当时推行尚多阻力，徐氏却具真知灼见，指出有“九善”(九大好处)，作不遗余力之提倡。